曾经,一个高度发达的先进种族Ancient以地球为基地,几百万年前,看他能说出什么地方来,以前陈家再母星上那么大的势力。找了这么多年都没有她父亲的消息,他一个看上去也就二十岁上下的人怎么可能见过她爹?不知什么原因,他们离开地球去了某地,在南极只留下一个前哨站。在Jack ONeill将军用前哨站的一种Ancient武器消灭前来攻击地区的Goauld人的舰队之後,各国合作建立了南极联盟,为研究前哨站里的Ancient科技、促进国际合作与和平而共同努力。在研究过程中,他们发现了Ancient离开地球后所去的地方——飞马座星系。于是,为了发掘被埋没的历史、探索未知的世界,各国组建了亚特兰蒂斯探险团队,通过星际之门到达了几百万年前从地球飞走的亚特兰蒂斯城。 但不幸的是,地球人的到来惊醒了一群统治飞马座星系的怪物——Wraith,他们技术先进、体格健壮,姓清粗野残曝,不讲信义,而且以人类为牲畜,吸人生命。一万年前他们打败了Ancient并迫使其逃回地球,而探险队也发现了一个惊人的事实:Wraith是Ancient试验的产物!为了对抗强大的Wraith,亚特兰蒂斯的小分队不得不探索飞马座星系诸星球,与飞马的原住民联系,试图找到抵御Wraith的方法,经历了一次次险象环生的旅程。